Transkripsiyon faktörü

Moleküler biyolojide bir transkripsiyon faktörü genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir proteindir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır.^[1]^[2] Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, RNA polimeraz tarafından bir genin transkripsiyonunu ya (bir aktivatör olarak) kolaylaştırırlar veya (bir represör olarak) engeller.^[3]^[4]^[5]

Biyolojik rolleri

Transkripsiyon faktörleri ile ilgili kavramlar

• transkripsiyon - RNA polimeraz tarafınan DNA'daki bilginin RNA olarak yazımı.

• faktör - Belli bir biyolojik tepkime veya sürecin gerçekleşmesine katkıda bulunan bir madde, örneğin bir protein.

• transkripsiyon denetimi - Gen transkripsiyonunun hızının kontrolü, örneğin RNA polimerazın DNA'ya bağlanmasına yardım ederek veya engelleyerek

• yukarı ayarlama, aktivasyon - gen transkripsiyon hızını artırmak

• aşağı ayarlama, represyon, veya süpresyon - gen transkripsiyon hızını azaltmak

• koaktivatör - Transkripsiyon faktörleri ile beraber çalışıp gen transkripsiyon hızını artıran protein.

• korepresör - Transkripsiyon faktörleri ile beraber çalışıp gen transkripsiyon hızını azaltan protein

Transkripsiyon faktörleri DNA'daki genetik bilgiyi okuyup yorumlayan protein gruplarından biridir. DNA'ya bağlanırlar ve gen transkripsiyonunun artması veya azalmasına yol açarlar. Bu bakımdan pek çok önemli hücresel süreçte hayatî bir konuma sahiptirler. Transkripsiyon faktörlerinin ilişkili olduğu bazı önemli fonksiyonlar aşağıdadır:

Bazal transkripsiyon düzenlemesi Ökaryotlarda transkripsiyonun gerçekleşmesi için "genel transkripsiyon faktörü" diye adlandırılan önemli bir transkripsiyon faktörü sınıfının üyeleri gereklidir. Bu faktörlerin çoğu doğrudan DNA'ya bağlı değildir, ama RNA polimeraz ile doğrudan etkileşirler. Bunların en önemlileri TFIIA, TFIIB, TFIID (ayrıca bakınız TATA bağlanma proteini), TFIIE, TFIIF ve TFIIH'dir.

Gelişme Çok hücreli canlıların gelişmesinde pek çok transkripsiyon faktörü rol oynar. Uyarılara tepki veren bu transkripsiyon faktörleri, ilgili genleri çalıştırırlar veya durdururlar, bu da hücre morfolojisinde, hücre kaderi belirlenmesinde ve hücresel başkalaşımda gerekli olan değişiklikleri mümkün kılar. Örneğin, Hox transkripsiyon faktör ailesi sirke sineğinden insana kadar pek çok canlıda vücut biçiminin oluşması için önemlidir. Bir diğer örnek, insanlarda cinsiyetin belirlenmesinde rol oynayan SRY genidir.

Hücreler arası sinyallere tepki Hücreler, sinyal molekülleri salgılayarak birbirleriyle haberleşirler, bu moleküller alıcı hücrelerde sinyal silsileleri (ing. cascade) başlatır. Eğer sinyal, alıcı hücredeki genlerin ifadesinin değişmesini gerektiriyorsa sinyal silsilesinin akışaşağısında (ing. downstream) genelde bir transkripsiyon faktörü bulunur. Basit bir örnek olarak estrojen sinyallemesi verilebilir: estrojen, plasenta ve yumurtalık gibi dokular tarafından salgılanır, alıcı hücrenin hücre zarından geçip sitoplazmasındaki estrojen reseptörüne bağlanır; sonra estrojen reseptörü çekirdeğe gidip kendi DNA bağlanma yerine bağlanır, bu da ilgili genlerin transkripsiyon denetimini değiştirir.

Çevreye tepki vermek Transkripsiyon faktörleri çevresel uyaranların doğurduğu sinyal silsilelerinin ucunda da yer alabilirler. Buna örnekler, yüksek sıcaklıkta canlı kalmayı sağlayan ısı şoku faktörü (ing., heat shock factor; HSF), düşük oksijenli ortamda yaşamı sağlayan hipoksiya indüklenebilir faktör (ing. hypoxia inducible factor; HIF) ve hücre içindeki lipit seviyelerini düzenleyen sterol düzenleyici elemana bağlanıcı protein (ing., sterol regulatory element binding protein; SREBP) olarak sayılabilir.

Hücre döngüsü kontrolü Çoğu transkripsiyon faktörü, özellikle onkogen veya tümör bastırıcıları hücre döngüsünü düzenlerler, dolayısıyla bir hücrenin ne kadar büyeyeceğine ve ne zaman bölüneceğini belirler. Bunun bir örneği hücre büyümesi ve apoptozda önemli rol oynayan Myc oncogenidir