DNA dizisi

Bir otomatik dizileme aracının çıktısından okunabilen DNA dizisi

DNA dizisi veya genetik dizi, gerçek veya hayalî bir DNA molekülü veya ipliğinin birincil yapısına karşılık gelen harfler dizisidir.

Bu dizide bulunan harfler A, C, G, ve T 'dir, bunlar DNA ipliğinde bulunan adenin, sitozin, guanin, ve timin adlı dört bazı temsil eder. Tipik olarak bu diziyi oluşturan harfler birbirine bitişik olarak, aralarda boşluk olmaksızın yazılır, örneğin AAAGTCTGAC gibi; bu dizinin soldan sağa okunuşu 5'-3' doğrultusuna karşılık gelir.

Fonksiyona göre bir DNA dizisine anlamlı veya anti-anlamlı ve kodlayan veya kodlamayan olarak değinilebilir.

Bir DNA molekülünün baz dizisinin okunmasına DNA dizilemesi denir.

Belirsizlik sembolleri

Özel durumlarda bir dizide A, T, C ve G dışında harfler bulunabilir. Bu harfler dizide belirsizlik olduğunu belirtmek için kullanılır. Saf ve Uygulamalı Kimya Uluslararası Birliği ( IUPAC)'nin bu amaç için belirlemiş olduğu sembollerin anlamları (ve anımsatıcıları) şöyledir: [1]

  • A = adenin
  • C = sitozin (ing. cytosine)
  • G = guanin
  • T = timin
  • U = uridin (RNA dizilerinde kullanılır)
  • R = G A (pürin)
  • Y = T C (pirimidin: ing. pyrimidine)
  • K = G T ( keto gruplular)
  • M = A C ( amino gruplular)
  • S = G C (kuvvetli bağlılar: ing. strong bonds)
  • W = A T (zayıf bağlılar: ing. weak bonds)
  • B = G T C (A harici hepsi)
  • D = G A T (C harici hepsi)
  • H = A C T (G harici hepsi)
  • V = G C A (T harici hepsi)
  • N = A G C T (herhangi)

Yukarıda belirtilen belirsizlik sembolleri başlıca iki durumda kullanılır:

  • DNA dizilemesi sırasında bir baz teknik nedenlerden dolayı tam okunamadığı zaman (örneğin ya G ya C olabilirse, 'S' yazılır)
  • birbirine benzeşen dizilerin ortak yönlerini belirtmek için. Örneğin SREBP adlı transkripsiyon faktörünün bağlandığı dizilerin ortak özelliği TCACNCCAC olarak yazılabilir. Bu örnekteki N harfi o konumda herhangi bir bazın bulunabileceği anlamına gelir. Bir diziler grubununu bu şekilde ifade edilen biçimine dizi motifi denir.
En otros idiomas