AJ Auxerre is een Franseprofvoetbalclub uit Auxerre. De club is opgericht in 1905 en wordt geroemd om zijn jeugdopleiding. De club heeft vanaf 1980 onafgebroken in Ligue 1 gespeeld, maar degradeerde in 2012 naar Ligue 2. Auxerre speelt in een blauw-wit tenue en de thuisbasis is het Stade l'Abbé-Deschamps.
De club is onlosmakelijk verbonden met clubicoon Guy Roux, die tussen 1961 en 2005 ruim veertig jaar succesvol werkzaam was als hoofdtrainer van AJ Auxerre.