Transkriptsioonifaktor

TFIIB (transkriptsiooni faktor 2 beeta alaühik) kompleksis DNA molekuliga

Transkriptsioonifaktoriks nimetatakse molekulaarbioloogias ja geneetikas valku, mis seondub spetsiifilistele DNA järjestustele, kontrollides seeläbi mRNA molekulide transkriptsiooni kiirust DNA-lt.[1][2] Transkriptsioonifaktorid täidavad seda ülesannet kas üksi või kompleksis teiste valkudega, mis soodustavad (aktivaator) või blokeerivad (repressor) RNA polümeraasi värbamise spetsiifilistele geenidele DNA molekulil.[3][4][5] Transkriptsioonifaktorite põhitunnuseks on see, et nad sisaldavad ühte või mitut DNA-d siduvat domeeni (DBD-d), mis tunnevad ära ja moodustavad kompleksi DNA molekuli spetsiifiliste järjestustega reguleeritavate geenide läheduses.[6][7] Teised valgud, nagu koaktivaatorid, kromatiini remodelleerijad, histoonide atsetülaasid, deatsetülaasid, kinaasid ja metülaasid, mängivad ka olulist rolli geenide regulatsioonis, aga neil puudub DNA-d siduv domeen ja seega neid ei klassifitseerita tavaliselt transkriptsioonifaktoriteks.[8] Siinjuures erandiks on üldised transkriptsioonifaktorid, mis kõik ei sisalda DNA-d siduvat domeeni, aga on ikkagi liigitatud transkriptsioonifaktorite hulka.

Konserveerumine erinevates organismides

Transkriptsioonifaktorid on olulised geenide ekspressiooni reguleerimisel ja seetõttu leidub neid kõigis elusorganismides. Eksperimentaalselt on teada, et transkriptsioonifaktorite arv sõltub genoomi suurusest, seega suuremates genoomides on rohkem transkriptsioonifaktoreid ühe geeni kohta.[9] Inimgenoomis on umbes 2600 valku, mis sisaldavad DNA-d siduvat domeeni, ja enamik neist arvatakse toimivat transkriptsioonifaktoritena.[10] Samas on olemas uuringud, mis väidavad, et see arv on tunduvalt väiksem.[11] Ligikaudu 10% geene inimese genoomis kodeerivad transkriptsioonifaktoreid, mis teeb nendest inimese suurima valkude perekonna. Lisaks on geenid sageli korraga piiritletud mitme eraldiseisva transkriptsioonifaktori seondumispiirkonnaga ja tõhusa ekspressiooni tagamiseks on vajalik nende faktorite tihe koostöö (vt näiteks hepatotsüütide tuuma faktorid). Sellest järeldub, et lihtsate kombinatoorsete võtete kasutamisel on ligikaudu 2000 inimese transkriptsioonifaktorit võimelised kergesti reguleerima iga inimese geeni kogu arengu vältel.[8]

Teistes keeltes