Juventud
Wills nace en Totnes, Devon el 5 de enero de 1834 siendo educado en la St Andrews Grammar School de
Ashburton. Emigra a Australia en 1852 junto a su hermano menor Thomas, y encuentran trabajo en
Deniliquin como pastores. El padre de Wills, el Dr. William Wills Snr., sigue a sus hijos a Australia, a donde llega en octubre de 1853 desplazándose los tres a
Ballarat. William John Wills trabaja como excavador y comprador para un banco. En 1855 inicia sus estudios de topografía, mudándose a Melbourne para trabajar a las órdenes de Georg Balthasar von Neumayer en el Observatorio Flagstaff. Wills vive en Dorcas Street, al sur de Melbourne hasta 1859 cuando se muda al Observatorio.