La villa de Portomarín nació y creció al lado de un puente romano sobre el río Miño (reconstruido en la Edad Media) y del Camino de Santiago. El 18 de mayo de 1212, la Orden de San Juan otorgó fueros para su gobierno y administración a la localidad.[5]
Cuando en 1962 se construyó el embalse de Belesar, el pueblo se trasladó al vecino Monte do Cristo. Allí se reconstruyeron algunos de los edificios más importantes, tanto civiles como religiosos; especialmente la iglesia de San Nicolás, de estilo románico levantada por la Orden Hospitalaria de San Juan de Jerusalén, cuyas piedras fueron numeradas y ensambladas de nuevo en su actual emplazamiento.
En las temporadas en que baja el nivel del pantano todavía son visibles los restos de las antiguas edificaciones, el malecón y el primitivo puente.
Además de ser conocido por su paisaje, Portomarín también tiene muy buen aguardiente, el cual, ha recibido mumerosos reconocimientos. El día de pascua se hace el aguardiente allí, en la plaza delante de la iglesia, en la "Festa do Augardente".
En 2015, en la aprobación por la Unesco de la ampliación del Camino de Santiago en España a «Caminos de Santiago de Compostela: Camino francés y Caminos del Norte de España», España envió como documentación un «Inventario Retrospectivo - Elementos Asociados» (Retrospective Inventory - Associated Components) en el que en el n.º 695 figura Portomarín con la delimitación de un entorno de elementos asociados.[6]
