Porinas

Una porina específica para sucrosa de Salmonella typhimurium, una bacteria gram-negativa. PDB 1A0S
Un monómero de la misma proteína visto de perfil, ilustrando la estructura antiparalela barril beta.

Las porinas son proteínas con estructura barril β formadas por láminas β.Pertenecen a las proteínas integrales de membrana, que son las que se ubican a través de una membrana celular y funcionan como poros a través de los cuales las moléculas se pueden difundir. A diferencia de otras proteínas de transporte de membranas, las porinas son lo suficientemente grandes para permitir procesos de difusión pasiva, por tanto actúan como canales que son específicos para diferentes tipos de moléculas. Están presentes en la membrana exterior de las bacterias gram-negativas y algunas bacterias gram-positivas del grupo Mycolata, las mitocondrias y cloroplastos.

Estructura

Las porinas están compuestas por láminas β. Las láminas β se acomodan usualmente antiparalelas formando un tubo cilíndrico llamado barril β . Su estructura primaria es única en cuanto a que se alternan residuos polares y no polares. Esto significa que los residuos no polares apuntan hacia afuera para no interactuar con la membrana lipídica apolar, mientras que los residuos polares apuntan hacia el centro del barril β para interactuar con el canal acuoso.

El canal de la porina se encuentra parcialmente bloqueado por un loop llamado ojal o "eyelet" que se proyecta dentro de la cavidad. En general, se encuentra entre las láminas 5 y 6 de cada barril, y define el tamaño del soluto que puede pasar a través del canal. Dicho loop se encuentra cubierto casi exclusivamente con aminoácidos cargados, que se organizan en lados opuestos del canal, creando un campo eléctrico transversal a través del poro. El ojal "eyelet" tiene una carga negativa proveniente de cuatro residuos de ácido glutámico y siete residuos de ácido aspartico (en contraste con un residuo de histidina, dos residuos de lisina y tres residuos de arginina), esta carga es compensada por dos átomos de calcio.

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