Open Microscopy Environment

Open Microscopy Environment (OME)
OME.jpg
OME 4.4.8
Desarrollador(es)
El Equipo de Desarrollo OME
www.openmicroscopy.org
Información general
Última versión estable 4.4.8
Mayo de 2013
Género Administración de Datos
Sistema operativo Servidor: Unix ( Linux,/ OS X) Cliente: cualquier SO con Java 1.5
Licencia LGPL
En español No
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El Open Microscopy Environment (OME) es una sofisticada solución de e-science[2] a través de un sistema cliente-servidor de código abierto y un modelo de datos flexible.

Los desarrolladores de OME percibieron las siguientes limitaciones del paradigma de procesamiento de datos de imágenes:[3]

  • No existe un estándar para describir un sistema de adquisición de imágenes
  • No existe un formato unificado de representación de datos de adquisición de imágenes
  • La mayoría de los datos requieren un análisis específico que ninguna herramienta de software puede proveer anticipadamente
  • Es muy difícil manejar datos de imágenes en la escala producida por los laboratorios.
  • La imagen y su análisis están unidos, pero no existe un método coherente que permita manejar los resultados analíticos junto con los datos de la imagen.

OME intenta resolver algunos de estos problemas, al proveer software y protocolos que permiten almacenar, compartir y transformar imágenes sin importar el microscopio o software utilizado para su captura y seguir conservando los datos del experimento, el sistema de imágenes y el software utilizado para su procesamiento.[5]

  • Una base de datos relacional utilizando PostgreSQL para trabajar con las herramientas de software de OME.
  • Un formato de archivo XML que hace posible el intercambio de información con otro tipo de software.

Los datos y la metadata de las imágenes se almacenan en un servidor centralizado, suficiente para manejar un departamento entero. Los usuarios visualizan y consultan sus imágenes a través de dos tipos de cliente: un cliente web desarrollado en perl en su mayor parte y un cliente en Java.[6]

OME está diseñado para asistir la investigación de imágenes biológicas, pero al ser un proyecto de código abierto, puede ser aprovechado/modificado para crear herramientas que trabajen con otro tipo de imágenes.

Historia del proyecto

OME nació en 1998-1999 en los laboratorios de Jason Sorger (Universidad de Dundee) y Swedlow(MIT). El primer prototipo fue escrito por el Dr. Ilya Goldberg en el laboratoriio Sorger. Actualmente él administra su propio laboratorio en NIA-NIH el cual también participa activamente en el proyecto.[8]

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