La fundación
El 17 de enero de 1683, el almirante Isidro de Atondo y Antillón acompañado por los S.J. Eusebio Francisco Kino, Copart y Matías Goñi zarpó rumbo a la península de Baja California con la intención de fundar una misión en la Bahía de La Paz, como el ambiente les resultó hostil tuvieron que retornar a Sinaloa, de donde habían partido hacia la península. El Padre Kino se disgustó profundamente por la decepcionante conducta de los soldados hacia los nativos y por la decisión de los colonos de abandonar la incipiente colonia, decisión motivada por el miedo a los nativos y la escasez de provisiones.
En el otoño del mismo año 1683 regresó la expedición a la península, esta vez se dirigieron a San Bruno en donde fundaron la primera misión, cerca de la actual Loreto. En San Bruno los misioneros fueron bien recibidos por los nativos quienes les ayudaron a levantar una pequeña capilla e incipientes pies de casas. Desde esta nueva estación misionera la expedición se abrió paso poco a poco a través de la rocosa sierra de la Giganta, a los cuatro meses de iniciada la exploración el Padre Kino alcanzó finalmente las costas del Mar del Sur (Océano Pacífico), esta vez se logró la amistad de los nativos y sus lenguajes fueron objeto de estudio, se administró el bautismo a los pequeños y a los moribundos. Tras el esfuerzo de un año parecía haberse logrado el establecimiento de una misión permanente en la Baja California.