Vuelta a Numidia
Tras regresar a su reino, sostuvo varias guerras civiles contra los régulos Sifax,
Lacumazes y
Mazetulo. Derrotado por Sifax, fue perseguido por uno de los generales de éste,
Búcar, pero reunió un nuevo ejército. En una nueva batalla, el hijo de Sifax, Vermina, decidió la batalla a favor de su padre.
Exiliado por un tiempo, alrededor del 206 a. C. comenzó a cooperar con los romanos (según parece conocía personalmente a Lelio, comandante de caballería de
Escipión), luchando a su lado en la batalla de Zama[2] (cercana a la ciudad actual de
Maktar, Túnez). Durante la batalla, mientras la infantería cartaginesa se enfrentaba con relativo éxito a las legiones romanas bajo el mando de Escipión el Africano, la caballería de Masinisa había abandonado la batalla en persecución de la cartaginesa. Tras su regreso, los romanos consiguieron derrotar a los veteranos y levas dirigidas por Aníbal.