La organización se basa en los principios del federalismo, el acuerdo libre y la ayuda mutua y cuenta con un secretariado internacional llamado Comisión de Relaciones Internacionales de las Federaciones Anarquistas o CRIFA, para mejorar la coordinación y la comunicación dentro de la Internacional, así como para proporcionar una dirección de contacto para el público y otros grupos y organizaciones anarquistas. El secretario es rotatorio de forma irregular entre las federaciones nacionales afiliadas a la IFA, actualmente se encuentra en la Federación del Reino Unido.
