Historia
Hongan-ji fue establecido como templo en el 1321, sobre el mausoleo de Otani, donde Shinran, el fundador de la secta budista
Jodo Shinshu fue enterrado.
Kakunyo fue el primer monje jefe de Hongan-ji, y se dedicó a la alabanza del
Buda Amida. Hongan-ji ganó por primera vez poder e importancia en el siglo 15, cuando
Rennyo se convirtió en el octavo monje jefe. La secta Tendaishū, que tenía su base en el monte Hiei, vio esta expansión como una amenaza y atacó a Hongan-ji tres veces por medio de sus
monjes guerreros.
Rennyo huyó a
Yoshizaki, donde fundó la secta Ikkō-ikki.
Durante el período Sengoku, temiendo el poder de los monjes de Hongan-ji, Oda Nobunaga intentó destruirlo. Durante diez años, asedió el Ishiyama Hongan-ji en Osaka, una de las dos principales fortalezas-templo de la secta Ikko. En 1604, inmediatamente después de que Tokugawa Ieyasu fuera nombrado Shōgun, dictó que Hongan-ji fuera dividido en dos.
Kyonyo, el duodécimo monje jefe de Hongan-ji se convirtió en el primero del Higashi Hongan-ji, mientras Junyo se convirtió en el monje jefe de Nishi Hongan-ji.
Durante la restauración Meiji en la década de 1860, el gobierno trazó nuevas líneas para la gestión de las organizaciones religiosas. A una de ellas, llamada
Shinshu Otani, le fue asignado el control de Higashi Hongan-ji.
En 1987, el templo fue rebautizado como Shinshu Honbyo, o nuevo mausoleo budista, y su propósito fue revertido al propio de un mausoleo. Aunque el templo ya no es por lo tanto, oficialmente, Higashi Hongan-ji, la mayoría le sigue llamando de esta forma. Los edificios no han sufrido modificaciones ni han sido trasladados, y por supuesto la importancia histórico-cultural y religiosa del emplazamiento no puede ser cambiada. En 1996, un nuevo Higashi Hongan-ji fue establecido en el área de Higashiyama en Kyoto por
Otani Kohrin el 25 monje jefe.