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Las elecciones estatales de Querétaro de 2006 tuvieron lugar el domingo 2 de julio, simultáneamente con las elecciones presidenciales, en ellas se renovaron los siguientes cargos de elección popular:
18 Ayuntamientos: Compuestos por un Presidente Municipal y regidores, electos para un periodo de tres años no reelegibles de manera inmediata.
25 Diputados al Congreso del Estado: 15 electos de manera directa por cada uno de los Distritos Electorales y 10 por un sistema de listas bajo el principio de representación proporcional.
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Hecho