El Gobernador de San Juan es un ciudadano de la Provincia de San Juan investido con el cargo de gobernador , que le permite administrar la provincia por el período correspondiente. En la actualidad el cargo es ejercido, desde el 10 de diciembre de 2015 , por Sergio Uñac .
Tenientes Gobernadores de Cuyo
Pedro del Castillo (22 de noviembre de 1560 - 22 de octubre de 1561): Fundó la Ciudad de Mendoza el 2 de marzo de 1561. Delegó el mando para volver a Santiago de la Nueva Extremadura.
Pedro de Mesa: Provisional (1561-1562)
Juan Jufré (1562-1563): Fundador de la Ciudad de San Juan de la Frontera el 13 de junio de 1562)
Diego Jufré de Loayza (1563-1564)
Francisco Peña (1564-1566): Interino
Gonzalo de los Ríos (1566-1567)
Lope de Peña (1567)